Zwölf Jahre nach dem Zweiten Neo-Zeon-Krieg wird der Frieden auf der Erde und ihren Kolonien von „Mafty“ gestört, einer terroristischen Organisation, die die Erdföderation daran hindern will, die Erde an die Privilegierten zu privatisieren. Anführer von Mafty ist Hathaway Noa (Kenshô Ono), Sohn des berühmten Föderations-Captains Bright Noa und Pilot des experimentellen RX-105 Gundam.